平成１８年３月、防衛省・自衛隊は統合運用体制に移行し、自衛隊の運用に関する軍事専門的観点から防衛大臣の補佐を統合幕僚長が一元的に行うようになりました。これにより、平素から陸海空自衛隊を一体的に運用できる態勢が整い、多様化する自衛隊の役割に迅速かつ効果的に対応することが可能となりました。
　令和７年３月、平素から有事まであらゆる段階におけるシームレスな領域横断作戦を実現すべく、統合作戦司令部が発足しました。統合作戦司令官は、自衛隊の運用に関し、大臣の命令を受け、平素から部隊を一元的に指揮します。これにより、各種事態が生起した際も、情勢の推移に応じたシームレスな対処が可能となりました。
　また、日米安保体制を基調とする日米両国間の緊密な協力関係は、我が国の安全を確保する上で重要な役割を果たしています。

統合運用体制の充実

　自衛艦隊は、平素から運用に係る事項に関し海自関係部隊を総括します。自衛艦隊司令部は、統合作戦司令部の指揮を受け、陸上総隊司令部、航空総隊司令部、航空支援集団司令部、宇宙作戦団司令部等及び米海軍との間における平素からの運用に係る調整を一元的に実施します。これにより、迅速かつ円滑な部隊運用及び調整が可能となるため、統合運用の実効性が向上します。
　統合運用に習熟するため、自衛艦隊は陸・空の両自衛隊との協同訓練に積極的に取り組んでいます。中でも、海自の輸送艦を使用した陸自との協同訓練や国際派遣任務が、増加しています。