日米共同・統合運用
平成１８年３月、防衛省・自衛隊は統合運用体制に移行し、自衛隊の運用に関する軍事専門的観点から防衛大臣の補佐を統合幕僚長が一元的に行うようになりました。これにより、平素から陸海空自衛隊を一体的に運用できる態勢が整い、多様化する自衛隊の役割に迅速かつ効果的に対応することが可能となりました。
また、日米安保体制を基調とする日米両国間の緊密な協力関係は、我が国の安全を確保する上で重要な役割を果たしています。自衛艦隊は、日米安全保障体制をより一層強固なものとするため、在日米海軍との緊密な意見交換を実施するとともに、積極的に共同訓練をおこない、極めて高いインターオペラビリティー（相互運用性：連携できる能力）を実現しています。
統合運用体制の充実
統合運用体制のもとでは、統合幕僚長が陸・海・空自衛隊を含めた統一的な運用構想を立案し、自衛隊の運用に関する軍事専門的観点からの大臣の補佐を一元的に行うこととなりました。自衛艦隊司令官は、自衛艦隊隷下部隊、あるいは必要に応じて自衛艦隊司令官の下に編成される陸・空自衛隊の部隊の指揮について、統合幕僚長を通じて防衛大臣の指揮を受けます。
また、統合運用に習熟するため、自衛艦隊は陸・空の両自衛隊との協同訓練に積極的に取り組んでいます。中でも、海自の輸送艦を使用した陸自との協同訓練や国際派遣任務が、増加しています。
日米共同の深化
自衛艦隊は、米海軍第７艦隊（司令部：横須賀）との間で各種の共同訓練を積極的に行うとともに、指揮官同士の訪問を推進しています。
平素から戦術面などの相互理解と意思疎通を深め、インターオペラビリティ（相互運用性）を向上させておくことは、日米共同対処行動を円滑に行うために欠かせません。
また、周辺事態安全確保法などにより自衛隊に与えられた任務を行う上で、日米の連携・調整要領を平素から訓練しておくことも重要です。
このような努力は、ひいては日米安保体制の基盤を強化し、抑止効果を維持・向上させることにつながります。