防衛装備移転三原則の運用指針は、主に、移転を認め得る案件、審査にあたっての手続、適正管理の確保など、運用の詳細を定めている。
防衛装備移転三原則に記載のとおり、移転を認め得るのは、①平和貢献・国際協力の積極的な推進に資する場合と②わが国の安全保障に資する場合などである。このうち、①の場合としては、国際平和協力、国際緊急援助、人道支援および国際テロ・海賊問題への対処や途上国の能力構築といった平和への貢献や国際的な協力などが該当する。
②の場合としては、次のように、わが国の安全保障の観点から積極的な意義があるものに限られている。
また、①②以外の場合としては、例えば、次の場合があげられる。
移転にあたっては、①仕向先および最終需要者の適切性ならびに②当該移転がわが国の安全保障上及ぼす懸念の程度という2つの視点を複合的に考慮して、移転の可否を厳格に審査することとしている。
①のうち、仕向先の適切性については、平和貢献・国際協力の観点やわが国の安全保障の観点から積極的な意義があるかなど、仕向先が国際的な平和および安全ならびにわが国の安全保障に与えている影響などを踏まえて検討する。また、最終需要者の適切性については、最終需要者による防衛装備の使用状況や適正管理の確実性などを考慮して検討する。特に、自衛隊法上の武器については、仕向先において武力紛争の一環として現に戦闘が行われているか否かなどを考慮して、慎重に検討する。
②については、移転される防衛装備の性質、技術的機微性、用途(目的)、数量、形態などを考慮して検討する。
さらに、自衛隊法上の武器の移転に際しては、2026年4月の改正において、仕向国・地域の安全保障環境、仕向国・地域の輸出管理体制、わが国の防衛力整備や自衛隊の運用に与える影響を含むわが国の安全保障環境への影響といった審査項目を明記した。
移転にあたっては、原則として、目的外使用および第三国移転についてわが国の事前同意を相手国政府に義務付けているほか、一定の場合には、仕向先の管理体制の確認をもって適正な管理を確保することも可能とするなどの仕組みを設けている。