第３掃海隊は、日本神話において東武東征の際、高皇産霊尊（たかみむすび）によって神武天皇のもとに遣わされ、熊野国から大和への道案内をした八咫烏（やたがらす）をエンブレムデザインとしています。３本の足を持つ「八咫烏」を選んだ理由は

①　神武天皇を熊野から大和までの厳しい道を案内し、大和を征服し即位の重要な役割を果たしたという日本神話が、掃海部隊の機雷源を啓開していくという任務を連想させる。

②　３本の足が「天・地・人」を表し神と自然と人が同じ太陽から生まれた兄弟であるということを意味する姿（熊野本宮大社）が海という自然に逆らうことなく風、潮等の自然の力を職場とする掃海艦艇乗組員を連想させる。

③ 「一源三流」の「一つの源は、誠の心でその心から３つの流れ（国ために血を流す。家族のために汗を流す。友のために涙を流す。）がほとばしる（山岡鉄舟）「三流」

第３掃海隊の「３」と３本の足。また、八咫烏は「導きの神」と信仰されるほか太陽化身とも言われています。この３本足に、機雷を握りしめている姿が自衛艦旗を背景としてデザインされています。

第３掃海隊司令