舞鶴には、舞鶴地方隊を構成する部隊のほかに、別の指揮系統に属している部隊が所在しています。
これらの在籍部隊は、それぞれの任務や役割に基づき、護衛、警戒監視、補給、航空、通信などの分野で活動し、同じ舞鶴を拠点として日本海周辺海域の安全確保に取り組んでいます。
他の基地に比べ、舞鶴湾を囲むようにごく近い範囲に関係部隊が所在するという地域特性もあって、部隊間の連携が円滑に図られており、共に平素からの訓練や即応体制の維持に努めています。
在籍部隊は、舞鶴地方隊とは異なる組織に属しながらも、舞鶴に所在する部隊として、それぞれの任務を通じて地域の安心・安全を支えています。
第３水上戦群
司令部
直轄艦
ひゅうが
詳細護衛艦「ひゅうが」
主要要目
海自初の全通のヘリ発着甲板を設けた護衛艦「はるな」型の代替として建造されたが、 ３機同時発着艦などヘリコプター運用能力は格段に向上した。
指揮通信能力も優れ、旗艦としてはもちろん災害時などに洋上司令部の機能も果たせる。
搭載機数は基本３機だが、ＭＣＨ－１０１掃海･輸送ヘリなど各種ヘリコプター約１０基を搭載できる。 後部にはＶＬＳ装置１機を配し、対空ミサイルとアスロックの発射が出来、 艦内には２つの格納庫、２０メートル四方の整備区画を有し、 医療区画や大規模災害対処の区画もある。
第３水上戦隊
ふゆづき
詳細護衛艦「ふゆづき」
主要要目
「はつゆき」型の代替用として建造された汎用護衛艦。全体としてステルス性に配慮されて いる。艦橋上側面と後部上構にＦＣＳ－３Ａ多機能レーダーを装備し、発展型の短ＳＡＭ シースパローミサイルの組み合わせにより、僚艦防空能力を持つ。備砲は前部に127ミリ単 装速射砲を１門、対艦ミサイル（ＳＳＭ）は国産の９０式４連装２基を中部甲板に装備している。
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せとぎり
詳細護衛艦「せとぎり」
主要要目
近代化された護衛艦隊群の中心的役割を担う汎用護衛艦。 基本的には「はつゆき」型と同じ構想で建造され、上部構造物などをスチール化した結果、 船体は７メートル長くなり、排水量で約５００ｔ大きくなった。
大型化しても同馬力を得るため、馬力は４万５千馬力から５万４千馬力にパワーアップしている。 兵装は「はつゆき」型と基本的に同じだが、探知性能や情報処理能力が向上しており、 大型化した分だけ、余裕のある設計となっている。
みょうこう
詳細護衛艦「みょうこう」
主要要目
洋上防空能力向上のため建造された、イージスシステム搭載ミサイル護衛艦「こんごう型」の３番艦。 イージスシステムは、目標の捜索･探知から情報処理、攻撃までを高性能レーダー（艦橋側面)、コンピュータ等により自動処理され、従来の対空ミサイル･システムに比べて、飛躍的に能力が向上した。
対空ミサイルとアスロックは前、後部甲板下に設置された垂直発射システム（ＶＬＳ）から 発射される。
あたご
詳細護衛艦「あたご」
主要要目
「たちかぜ」の代替更新として建造された。 海自初のイージス艦「こんごう」型の発展型で、船体を延長したことでヘリコプター格納庫を備ええるとともに、イージスシステムを更新している。 ステルス性を強化するなど「こんごう」型に比べ様々な面で改良が図られており、前後部にＶＬＳを配し、対空ミサイルとアスロックを発射できる。 従来砲より砲身の長い５インチ砲は米海軍の最新式である。
閉じる水陸両用戦機雷戦群
第４機雷戦隊
はつしま
詳細掃海艇「はつしま」
主要要目
海上自衛隊の掃海艦艇として初めて船体・上部構造物にFRP（強化プラスチック）が採用されたことにより、従来の木造船に比べ艦齢は２倍近く延伸する。
現有「ひらしま」型に比べ、基準排水量・兵装は同じだが、全長はやや長くなり、喫水は若干浅くなった。
主機の出力・速力ともに、「すがしま」型と同様である。
あいしま
詳細掃海艇「あいしま」
主要要目
「うわじま」型の性能向上型として計画され、掃海･掃討能力を向上している。
機雷の高性能化に対処するため、ＮＡＴＯ諸国で実績のある情報処理装置や可変度型の 機雷探知機、機雷処分具を備え、掃討時の低速における運動性能･定点保持性の向上 も図られている。
舞鶴水中処分隊
ＹＤＴ-０１
詳細水中処分母船「ＹＤＴ-０１」
主要要目
従来、退役掃海艇を改造した特務船で行われていた水中処分隊の水中処分作業及び潜水作業における輸送及び作業支援を専門に行うため、新船種として設計された。減圧症に対応するため、再圧タンクを備えている。
※水中処分隊・・・ＥＯＤと呼ばれており、主として海上における爆発性危険物の処分、不発弾の処分を任務としている。
哨戒防備群
第４哨戒防備隊
せんだい
詳細護衛艦「せんだい」
主要要目
本級は1,400t型護衛艦（ＤＥゆうばり型）の性能向上型として建造されたもので、 対潜、対空能力が強化され、抗堪性や居住性も向上しており、 対空ミサイルと対潜ヘリコプターを装備していないことを別にすれば、 「はつゆき」型ＤＤに匹敵する強力な装備となっている。 主要戦闘区画は主船体に配置し、艦橋構造物等に鋼材を使用するなど、抗堪性を向上、 対空レーダーを装備し、電子戦関係の装備も充実している。
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やはぎ
詳細護衛艦「やはぎ」
主要要目
新たな艦種記号「FFM」が付された「もがみ型護衛艦」の５番艦。FFMとは、フリゲートを表す「FF」に多機能（Multifunctional）や機雷（Mine)の頭文字を合わせたものである。
多様な任務対応能力が付与されるとともに、徹底した省人性、ステルス性が考慮されており、従来の護衛艦とは一線を画した独特な船体構造となっている。
あがの
詳細護衛艦「あがの」
主要要目
新たな艦種記号「FFM」が付された「もがみ型護衛艦」の６番艦。FFMとは、フリゲートを表す「FF」に多機能（Multifunctional）や機雷（Mine)の頭文字を合わせたものである。
多様な任務対応能力が付与されるとともに、徹底した省人性、ステルス性が考慮されており、従来の護衛艦とは一線を画した独特な船体構造となっている。
はやぶさ
詳細ミサイル艇「はやぶさ」
主要要目
日本海沿岸における哨戒、対艦攻撃を主任務として建造されたミサイル艇「はやぶさ型」の１番艇。 能登半島沖での北朝鮮工作船に対する初の海上警備行動発令と護衛艦･哨戒機を以ってしても逃走を阻止できなかったことの教訓から、不審船対処能力を付加するよう運用構想を変更の上、６隻を建造することになった。
冬の日本海の荒波を超えるため、前型よりも大型の設計になるとともに、高速を出す不審船に対応するためガスタービンエンジン及びウォータージェットポンプを３基搭載し、海自最速を誇る。
うみたか
詳細ミサイル艇「うみたか」
主要要目
日本海沿岸における哨戒、対艦攻撃を主任務として建造されたミサイル艇「はやぶさ型」の５番艇。 能登半島沖での北朝鮮工作船に対する初の海上警備行動発令と護衛艦･哨戒機を以ってしても逃走を阻止できなかったことの教訓から、不審船対処能力を付加するよう運用構想を変更の上、６隻を建造することになった。
冬の日本海の荒波を超えるため、前型よりも大型の設計になるとともに、高速を出す不審船に対応するためガスタービンエンジン及びウォータージェットポンプを３基搭載し、海自最速を誇る。
水上訓練指導群
舞鶴水上訓練指導隊
第１水上補給隊
直轄艦
ましゅう
詳細補給艦「ましゅう」
主要要目
「とわだ」型の改良型で、「とわだ」型より5,000t大型化し、補給物品や燃料の搭載能力が大幅に向上した。
主機には補給艦として初めてガスタービンを搭載、最大速力24ktと 艦隊随伴能力を高めている。 集中治療室などの医療施設も充実しており、災害派遣やＰＫＯ、 在外邦人輸送などの活動にも対応できる能力を有する。 海外での長期行動にも対応できるよう航続距離の延伸も図られている。
第１水上訓練支援隊
直轄艦
ひうち
詳細多用途支援艦「ひうち」
主要要目
艦艇、航空機に対する訓練支援や離島などに対する物資輸送などの任務を実施してきた 特務艇８１号型の除籍、減勢に伴い後継艦として建造された海上自衛隊初の艦種である。 部隊が実施する水上射撃訓練と魚雷発射･投下訓練の支援を主任務とするほか、物資の 輸送支援や航行不能となった艦艇の曳航など多用途性を有する。
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