本部は、総務班、運用班、整備補給統制班、輸送統制班及び品質管理班からなり、整備補給隊の隊務の総括を行っています。
総務班：行政文書の管理等の庶務、隊員の転出入などの人事、情報保全などの業務を行っています。
運用班：整備補給隊の業務計画の作成、訓練計画の立案などを行っています。
整備補給統制班：航空機の整備計画の立案を行っています。
輸送統制班：部品や人員の輸送計画の立案を行っています。
品質管理班：航空機の品質管理に関する業務を行っています。