本省所在機関採用とは、統合幕僚監部(統合幕僚学校及び自衛隊サイバー防衛隊を除く。)、陸上幕僚監部、海上幕僚監部、航空幕僚監部、情報本部(通信所を除く。)、防衛装備庁(内部部局に限る。)の本省所在6機関及び本省内部部局での勤務を想定した採用区分です。一定の経験を積んだ後、将来的には本省所在6機関や本省内部部局の管理職員を目指すことが期待されます。
採用後、1~2年目は、本省所在6機関において、本省内部部局勤務を見据えた本省内部部局と関連深い部署に配属され、各機関の施策の企画・立案の補佐業務を行い、将来、防衛省・自衛隊の中枢機能を担うべく基礎的な知識・技能等を修得します。3年目からは、本省内部部局において、政策的業務に触れ、本省内部部局の仕事の仕方・ものの考え方を身につけるため、6年間(3ポスト程度)勤務を予定しています。9年目以降は、本人の希望、意欲、能力、適性等を踏まえ、本省所在6機関及び本省内部部局において横断的な勤務を予定しています。