●昭和29年12月26日
訓練派遣隊を編成、米海軍潜水艦学校で教育実施
●昭和30年6月2日
海上自衛隊術科学校（現在の海上自衛隊第２術科学校）に潜水艦科設置
●昭和30年9月22日
潜水艦課程開講
●昭和31年１月16日
海上自衛隊術科学校分校となる
●昭和33年4月1日
海上自衛隊第2術科学校となる
●昭和34年9月5日
呉潜水艦基地隊準備室発足
●昭和34年10月1日
潜水艦関係の教育を呉潜水艦基地隊準備室へ移管
●昭和35年2月1日
呉潜水艦基地隊新編 潜水艦課程を同基地隊潜水艦教育部に移管（呉地方隊所属）
●昭和40年2月1日
第１潜水隊群新編、潜水艦課程を１潜群教育部に移管
●昭和42年2月1日
第１潜水隊群改編、潜水艦課程を再度呉潜水艦基地隊教育部に移管
●昭和44年10月1日
潜水艦教育訓練隊として独立
●昭和56年2月10日
潜水艦隊新編に伴い、直轄部隊になる
●平成14年3月22日
横須賀潜水艦教育訓練分遣隊を新編
●令和3年4月1日
潜水艦教育訓練隊本部研究室を廃止し、横須賀潜水艦教育訓練分遣隊に戦術科を新設