総務課

• 文書の管理に関すること。
• 渉外及び広報に関すること。
• 部内の事務一般に関すること。

人事課

• 隊員の人事一般に関すること。

厚生課

• 隊員の宿舎、共済組合、給与等及び公務災害補償、福利厚生に関すること。

援護業務課

• 定年及び満期退職者に対するリクルート（求人活動）に関すること。

施設課

• 施設の維持及び修理、取得及び建設の要求、行政財産の管理に関すること。
• 施設器材及び港用品の整備に関すること。

第１幕僚室

• 防衛及び警備の人事に関すること。

第２幕僚室

• 防衛及び警備の情報に関すること。

第３幕僚室

• 防衛及び警備の実施に関すること。

第４幕僚室

• 防衛及び警備の実施、後方支援に関すること。

第５幕僚室

• 防衛及び警備の通信に関すること。

経理課

• 経費及び収入の会計に関係すること。

契約課

• 物品及び役務の調達並びに行政財産の取得に関する契約に関すること。

原価計算課

• 予定価格の作成に関すること。
• 原価計算に関すること。

監査課

• 会計の監査に関すること。