米軍は、日本に対する連続的な機雷敷設を「飢餓作戦」と呼び、 終戦までの５か月間実施し、本土周辺には１１２７７個の機雷が敷設された。戦後、連合軍の指示により掃海作業を実施し、 １９８５（昭和６０）年９月１１日関門海峡東口の苅田港外の業務掃海を終えるまで、約４０年間にわたる「掃海戦」に従事した。

　１９５９（昭和３４）年９月２６日夕刻、紀伊半島潮岬付近に 台風１５号（伊勢湾台風）が上陸し、伊勢湾では５.１８ｍという想像を絶する高潮により各所で防波堤が決壊した。 海上自衛隊は上陸用舟艇による物資や人員を輸送したほか、高潮により決壊した堤防の補修、ポンプによる排水を他自衛隊と協同で実施した。

　１９６４（昭和３９）年１０月１０日から２４日まで開催された第１８回 オリンピック競技大会で、海上自衛隊はヨット競技をはじめ、開閉会式での旗章の取扱いなどの支援を行った。 また、選手としても３名の隊員が出場し、海士長　鶴峯　治が２００ｍ平泳ぎで６位入賞を果たすなど、大いに活躍した。

　１９６５（昭和４０）年１１月２０日、１８２名の「ふじ」乗員と４０名の観測隊員が 東京晴海ふ頭を出港し、一路南極へと航海を開始した。南極地域観測支援業務は、海上保安庁「宗谷」の老朽化により、自衛隊が業務を引き継いだ。 極地用の本格的な砕氷艦の建造は、旧海軍の北方警備用の砕氷艦「大泊」以来であった。

　１９７０（昭和４５）年２月下旬、第１１次南極観測支援に従事した砕氷艦「ふじ」は 帰路の途中、海氷の厚さが３.８ｍある海域で右推進器翼が４枚折損して推進力が低下し、砕氷航行できず氷海に閉じ込められた。付近を航行していた 米国とソ連の砕氷艦に救援要請したが、３月１８日に氷壁が崩れ、自力で外洋に脱出した。

　１９７２（昭和４７）年１２月１８日夜、岡山県倉敷市にある石油タンクに亀裂が生じ、 １万ＫＬの重油が瀬戸内海に流出した。海上自衛隊は、香川・徳島両県知事から災害派遣要請を受け、航空偵察及び流出油の回収、海上輸送を翌年 ２月３日まで実施した。

　沖縄の日本復帰に伴い、１９７２（昭和４７）年４月２７日から６月５日にかけて交換用 の円貨５４０億円及びドル貨１億ドルの東京・沖縄間の輸送を、海上自衛隊第１輸送隊が担うこととなった。 通貨は、大量のコンテナに梱包され、輸送艦に搭載された。航路、到着日時は公表されず、厳戒の中で任務は完遂された。

　１９７４（昭和４９）年１１月９日に、第１０雄洋丸は東京湾内でパシフィック・アレス号と 衝突後、大火災を生起させた。環境・経済に多大な影響を及ぼすことから、被害を最小限にするため海没処分が決定され海上保安庁の要請により自衛隊 として戦後、初めて武器を使用した災害派遣が実施されることとなった。

　１９７６（昭和５１）年９月６日、ソ連国土防空軍ベレンコ中尉が米国への亡命を求め、 当時最新鋭機だった「ミグ２５」で函館空港に強行着陸した。ソ連軍が軍事機密保護のため、同機体の爆破等の非常手段に出る可能性があったため、 同月８日、海上自衛隊は艦艇及び航空機による津軽海峡の警戒監視を発動した。

　１９８３（昭和５８）年９月１日、大韓航空機００７便は韓国の金浦国際空港へ飛行中、 通信が途絶し、消息不明となった。海上自衛隊は対潜哨戒機Ｐ−２Ｊを２機、護衛艦「いしかり」等、計５隻を捜索海域に派出し、捜索を実施した。 ９月７日、ソ連政府は声明を発表し、撃墜の事実を認めた。

　１９８６（昭和６２）年１１月２１日、伊豆大島三原山でマグマ水蒸気爆発が発生し溶岩が 噴出、全島民に対して島外避難指示が発せられた。横須賀地方総監は東京都知事からの災害派遣要請を受け、艦艇１２隻を派出し、夜間、短時間に １万１０００名余の全島民が島から脱出するという、前代未聞の大作戦を成功させた。

　１９８８（昭和６３）年７月２３日、潜水艦「なだしお」は自衛艦隊展示訓練から帰投のため、 浦賀水道を北上中、南下してきた遊漁船「第一富士丸」と衝突し、同船は沈没、乗組員２名及び乗客２８名が死亡した。

　１９９０（平成２）年１１月、雲仙普賢岳は１９８年ぶりに噴火活動を再開、 翌年６月に火砕流が発生し、死者４０人、行方不明者３人という、火山災害としては極めて悲惨な災害となった。　 海上自衛隊は、長崎県知事から災害派遣の要請を受け、ヘリコプターによる情報収集及び護衛艦を有明海に派遣した。

　１９９１（平成３）年４月２４日、政府はペルシャ湾における機雷等除去のため 掃海艇派遣を正式決定した。これが自衛隊発足以来初めての海外派遣となり、９９日間で合計３４個の機雷処理に成功し、湾岸の平和回復に 大きく寄与するとともに、国際社会の一員としての責務を全うした。

　１９９２（平成４）年９月から１９９３年１０月の間、自衛隊が国際連合平和維持活動 （ＰＫＯ）の一環としてカンボジアへ派遣された。海上自衛隊の輸送艦２隻及び補給艦１隻からなるカンボジア派遣海上輸送補給部隊が、施設部隊の 人員、資機材等の海上輸送、部隊に対する宿泊、食事の提供を行った。

　１９７５年の独立以来、混乱の続いていたモザンビーク共和国では、１９９２年１０月に 和平協定が調印された。国連の要請を受け、１９９３（平成５）年４月、政府はモザンビークへの自衛隊の派遣等を決定、５月に現地での業務を開始 した。派遣部隊は、初の陸・海・空自衛官からなる部隊編成であった。

　イスラエル国とシリア・アラブ共和国は、１９７４年に兵力引き離し協定を締結、 国連が停戦監視等を開始した。国連の要請を受け、１９９６（平成８）年５月から司令部業務及び輸送等の後方支援活動を実施した。 しかし、シリア国内の情勢悪化により２０１３（平成２５）年２月に全派遣要員を撤収し、約１７年に及ぶ活動を終了した。

　１９９３（平成５）年７月１２日、北海道、東北から山陰にかけて日本海側を襲った Ｍ７．８の大規模地震により、津波、火災が発生し、死者及び行方不明者２３８名を出す甚大な被害が生起した。 海上自衛隊は多数の艦船、航空機及び潜水員を派出し、行方不明者捜索、救援物資輸送等の活動を実施した。

　１９９５（平成７）年１月１７日、淡路島北部を震源とする最大震度７の直下型地震 （Ｍ７．３）が発生した。海上自衛隊は、災害派遣を実施し、呉地方総監が災害派遣部隊指揮官となり、被災した阪神基地隊に指揮所を設置、 １月１７日から４月２７日までの間、救援活動を実施した。

　１９９７（平成９）年１月２日、島根県隠岐島沖でロシア船籍タンカー 「ナホトカ」号が大しけにより沈没し、大量の重油（約６２４０ＫＬ）が流出した。被害は、１府７県の広範囲に及んだ。 海上自衛隊は、艦艇９２０隻、人員約７７２２２名を派遣し、重油の回収と回収油の陸揚げ、防除資材の補給を実施した。

　１９９９（平成１１）年３月２３日、警戒監視中のＰ−３Ｃが、 能登半島沖領海内を航行する不審な船舶を発見した。海上保安庁巡視船が威嚇射撃を実施するも不審船は停止せず、逃走を開始した。 巡視船では追尾が難しいため、翌２４日、防衛庁長官が自衛隊創設以来初めてとなる「海上における警備行動」を発令した。

　１９９９(平成１１)年８月、トルコ共和国北西部でＭ７．４の大地震が発生、 １７０００人以上の死者を出す甚大な被害が生起した。被災者に対する仮設住宅供給のため「おおすみ」、「ときわ」、「ぶんご」は、 神戸港において約５００戸の仮設住宅を搭載し、１０月１９日トルコに入港、直ちに仮設住宅をトルコ政府に引き渡した。

　海上自衛隊は、２００１（平成１３）年９月１１日のアメリカ同時多発テロ 事件を発端に開始された国際的なテロ対策強化の取り組みとして、１回の中断をはさみ２０１０年まで、補給艦及び護衛艦をインド洋に 派遣した。本活動は海上阻止活動の重要な基盤となり、国際社会からも高い評価を受けた。

　２００２（平成１４）年３月４日から、我が国は東ティモール暫定行政機構 （ＵＮＴＡＥＴ）が行う国連平和維持活動に参加した。この活動は、陸上自衛隊が派遣されたＰＫＯの中で過去最大の人員かつ初めて 女性自衛官が参加した活動である。海自からは「おおすみ」と「みねゆき」が、人員・装備品等の輸送を実施した。

　２００４（平成１６）年２月２０日から「イラクにおける人道復興支援活動 及び安全確保支援活動の実施に関する特別措置法」に基づき、海上自衛隊の「おおすみ」及び「むらさめ」が、陸上自衛隊派遣部隊の 現地活動に必要な車両及び物資の海上輸送を実施した。

　２００４(平成１６)年１１月１０日早朝、国籍不明の潜水艦が先島群島 周辺海域の我が国領海内を潜没航行しているところをＰ−３Ｃが確認、同日防衛庁長官が自衛艦隊に対し海上警備行動を発令した。 発令後、Ｐ−３Ｃに加え、ＳＨ−６０Ｊ及び護衛艦により、公海上に至るまで見失うことなく継続して追尾した。

　２００４(平成１６)年１２月２６日にスマトラ島沖で発生したインド洋 津波による被害に対し、我が国はタイ王国政府からの支援要請に基づき、国際緊急援助活動を実施した。 インド洋での補給活動を終了し帰国中の海自艦艇３隻が急遽プーケット島沖に向かい、被災者の捜索・救助活動などを行った。

　２００５（平成１７）年８月４日、カムチャッカ半島沖において、 ロシア海軍所属深海潜水艇が、海底ケーブルのワイヤーに舵をからませる事故が発生、潜水救難母艦「ちよだ」等４隻が派遣された。 ２００６年１月、派遣部隊指揮官　木下憲司１等海佐（第２潜水隊群司令）に対し、ロシア連邦名誉勲章が伝達された。

　２００８（平成２０）年２月１９日未明、ハワイでの装備認定試験を終了し、 横須賀港に向け航行中だった護衛艦「あたご」と漁船「清徳丸」は野島崎の南方約３５マイルで衝突した。「あたご」は艦首部に擦過傷を、 「清徳丸」は船体中央部で分断され、船長及び甲板員が行方不明となり、後日死亡が認定された。

　２００９（平成２１）年３月、北朝鮮による試験衛星打ち上げの事前通報に対し、 我が国は初めて弾道ミサイル破壊措置命令を発令し、スタンダードミサイル（ＳＭ−３）搭載イージス艦２隻を日本海中部に展開した。 ４月、北朝鮮が弾道ミサイル１発を発射したが、我が国領域への被害がないと判断し、迎撃は行わなかった。

　２００９（平成２１）年３月、ソマリア沖・アデン湾において我が国関係船舶を 海賊行為から防護するため護衛艦による護衛を開始し、同年６月からは、Ｐ−３Ｃによる警戒監視を開始した。 現在に至るまで１隻の船舶も海賊の被害を受けることなく、海上自衛隊は今も洋上における安全を担っている。

　２０１０（平成２２）年７月末にパキスタンで生起した大規模な洪水被害に対し、 パキスタン国際緊急航空援助隊の輸送ヘリコプターと車両を「しもきた」が輸送した。同活動には航空自衛隊が輸送機Ｃ−１３０Ｈを派遣しており、 陸海空３自衛隊として初の統合運用が行われた。

　２０１１（平成２３）年３月１１日に震度７の大地震（国内観測史上最大のＭ９.０）が 発生した。防衛省・自衛隊は災害対応では初の統合任務部隊を編成し、予備自衛官も含め過去最大規模の１０万人体制で、被災者の捜索救助、 物資輸送、生活支援及び原子力災害派遣等を実施した。

　第１５１合同任務部隊は、２００９年１月に設立されたソマリア沖の海賊対処を任務とする 多国籍海上部隊である。 海上自衛隊は２０１３（平成２９）年１２月から参加、２０１５年には第４護衛隊群司令 伊藤 弘海将補（当時）を司令官 として派遣した。自衛官が訓練でない実際の多国籍司令官に着任するのはこれが初であり、これまで４人の司令官を派遣している。

　２０１３（平成２５）年１１月、我が国は大型の台風３０号で被害を受けたフィリピンへ 約１１００人規模の統合任務部隊を派遣し、医療活動、防疫活動、救助活動等の国際緊急援助活動を実施した。海上自衛隊は、「いせ」、「おおすみ」 及び「とわだ」をレイテ島周辺の海域に展開させ、人員輸送及び物資輸送を実施した。

　２０１４（平成２６）年３月１１日夕刻、消息を絶ったクアラルンプール発北京行きの マレーシア航空機３７０便の捜索に関し、マレーシア政府から支援要請を受け、Ｐ−３Ｃ哨戒機２機を活動拠点のマレーシア（後にオーストラリア） へ派遣し、捜索救助活動を実施した。

　２０１４（平成２６）年１２月２８日にインドネシア共和国スラバヤ発シンガポール行きの エア・アジア８５０１便が、カリマタ海峡付近で消息不明となったことを受け、海賊対処活動を終え帰国途中であった派遣海賊対処水上部隊を インドネシア国際緊急援助水上部隊として派遣し、捜索救助活動を実施した。

　２０１９（令和元）年１２月２７日、中東地域において緊張が高まる中、 同地域における平和と安定及び日本関係船舶の安全確保を目的とした我が国独自の取組を推進するため、護衛艦（哨戒ヘリ搭載）と 固定翼哨戒機Ｐ−３Ｃの派遣が決定した。主な活動は、日本関係船舶の安全確保に必要な情報収集であった。

　我が国は、６８００余りの島々で構成され世界第６位の面積となる領海及び 排他的経済水域を有するなど広大な海域に囲まれており、平素から領海・領空とその周辺の海空域において情報収集及び２４時間態勢の 警戒監視を実施している。