運用科は、短艇（カッター、ヨット、機動艇）を使用して、船乗りとして必要な基礎的知識及び技能を習得させる教育を実施しています。教務内容は、理論や作業要領を机上で学ぶ座学と実際に短艇等を使用して学ぶ実習があります。
写真は、カッターと呼ばれる全長９ｍの短艇を使用して訓練をしている候補生の様子です。候補生は、短艇の揚げ降ろし作業を通して運用作業の基本を学び、短艇の操縦から将来の大型艦船運用の資を得ることができます。
また、第１学生隊の学生に対し、１級小型船舶操縦士免許取得のための教育を実施しています。
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