学生隊本部は、主に学生の服務、規律に関する指導を担当しています。

特に、幹部自衛官としての資質を養うため、生活全般を通じて、起居動作や服装容儀から言葉遣いまできめ細やかに指導しています。

学生は、第１、第２及び第３学生隊のいずれかに属しており、各学生隊は、それぞれ以下の課程により編成されています。

第１学生隊は、一般幹部候補生課程（１・２課程）、医科歯科看護科幹部候補生課程及び公募幹部課程学生をもって編成されています。

一般幹部候補生課程（１課程）は、防衛大学校卒業者の課程で、一般幹部候補生課程（２課程）は、防衛大学校以外の大学卒業者等の他、技術幹部候補生及び薬剤科幹部候補生の課程で、それぞれ、教育期間は約１年間です。

医科歯科看護科幹部候補生課程は、防衛医科大学校及び歯学部卒業者の医科幹部候補生、歯科幹部候補生及び看護科幹部候補生の課程で、教育期間は約１．５か月です。

公募幹部課程は、企業等での勤務を経験した後に、技術海上幹部として採用された幹部自衛官の課程で、教育期間は約２か月です。

第２学生隊は、飛行幹部候補生課程及び一般幹部候補生課程（部内課程）をもって編成されています。

飛行幹部候補生課程は、航空学生として入隊後、飛行教育を受け航空徽章（ウィングマーク）を取得した者に対する課程で、教育期間は約６か月です。

一般幹部候補生課程（部内課程）は、部隊等で勤務している海曹の中から選抜された者に対する課程で教育期間は、約９か月です。

第３学生隊は、幹部予定者課程をもって編成されています。

幹部予定者課程は、部隊等で勤務している准海尉及び海曹長の中から選抜された者に対する課程で、教育期間は約４か月です。