平成５年７月１２日午後１０時１７分に発生した北海道南西沖地震は、道南の後志、檜山管内に多くの被害をもたらしました。
　
　 方面隊は、北海道知事の要請により、第１１師団、北部方面航空隊、札幌地区病院に災害派遣を発令した。１３日午前０時１８分、第２９普通科連隊(倶知安)は夜明けとともにヘリコプターにより、先遣隊１６名を奥尻町青苗地区に派遣。
　
　 続いて第２９普通科連隊長以下連隊幕僚も推進し、奥尻町役場に現地指揮所を開設しました。倶知安駐屯地からは同日午前中に隊員約１００名が１２波のヘリで奥尻に派遣され、消火、不明者の捜索を行いました。
　
　 同じくヘリで１１０名の隊員が・奥尻の初松前地区に派遣されました。一方、１３日早朝、真駒内駐屯地から札幌地区病院の医官、看護婦及び第１１後方支援連隊の救護員と医療チームが奥尻空港へ前進、空港において傷病者の治療を行い、被災地での医療活動を整斉と行いました。
　
　 第２８普通科連隊(函館)は、１６日１３時をもって第２９普通科連隊の派遣部隊主力と交代、じ後不明者の捜索、給水支援、防疫、治療等の活動を実施しました。７月１３日から２７日まで、奥尻島の他、長万部等の給水支援等において、北部方面隊は延べ約１６，９００名が派遣活動を行いました。
　
　 宮澤総理大臣及び井上国土庁長官を初めとする政府調査団が災害現場を視察するとともに、７月１４日、７月２７日には天皇・皇后両殿下が被災者を見舞われました。