総務課、会計課、契約課、原価計算課、有償援助調達課及び原価監査官室で構成されており、総務、人事、文書、会計、契約などを実施しています。また、補給本部が所在する十条駐屯地を管理している陸上自衛隊に隊員を派出し、共済業務や、警備業務などを実施しています。
企画課、補給計画課、艦船装備計画課及び航空装備計画課で構成されており、艦船、航空機の整備や補給等の後方支援全般に係わる計画の策定、総合調整などを実施しています。
計画管理課、装備システム課及び業務システム・電算機運用課で構成されており、海上自衛隊の後方に関する情報システムの企画、運用、プログラムの維持管理、システムに関する教育、技術指導などを実施しています。
艦船補給課及び艦船整備課で構成されており、海上自衛隊の艦船の定期的な修理の計画策定、艦船搭載のエンジンや発電機等の整備や補給などを実施しています。
航空機補給課、航空機整備課及び航空武器整備課で構成されており、海上自衛隊が保有する航空機の機体、搭載機器、航空基地器材、航空機の訓練装置の調達や整備、部隊指導などを実施しています。
武器補給課、武器整備課及び弾薬課で構成されており、艦船に搭載されている砲、ソーナー、レーダ、通信機器、ミサイル、魚雷、機雷などの調達、整備、補給などを実施しています。
需品補給課及び需品整備課で構成されており、海上自衛隊で使用する燃料、被服、車両、衛生資材及び一般用品等の調達、整備、補給などを実施しています。
会計監査官室は、補給本部、艦船補給処及び航空補給処の会計の検査、会計事務に関する研究、指導を行っている独立した組織です。