第３特殊武器防護隊は、近畿２府４県の防衛警備を担任する第３師団唯一の化学科部隊です。
第３師団の対特殊武器戦を担任し、CBRNテロ対処任務および本格的着上陸侵攻対処時の師団の
対特殊武器戦を担います。

隊本部および数個小隊から構成されています。

これまで各種災害派遣等において防疫任務及び給水支援活動を行うとともに、東北地方太平洋沖地震では
行方不明者捜索等も実施しました。
福島県における原子力災害派遣活動においては２０ｋｍ県内の線量測定・除染所の運営等に従事しました。