相浦駐屯地は、佐世保市の中心から西北１０Kmに所在し、西海国立公園九十九島の一隅に位置する総面積93万㎡の広大な地域で風光明媚な駐屯地である。
駐屯地は、昭和16年旧海軍佐世保鎮守府隷下第２海兵団が駐屯し、昭和20年から30年まで米軍が駐留した。
昭和３０年８月日本政府に返還の経過を経て同年１０月、針尾駐屯地から第８新隊員教育隊が移駐し、陸上自衛隊として発足した。
その後、昭和44年８月、第３教育団本部が別府駐屯地から移駐。
平成１４年３月西部方面普通科連隊が新編された。
平成２５年３月第３教育団を廃止、西部方面混成団新編、平成３０年３月久留米駐屯地へ移駐した。
平成３０年３月西普連廃止、同年４月水陸機動団を新編